Se passando no mesmo universo da franquia Memories Off, SINce Memories conta a história de Junya, um jovem rapaz que está sofrendo com o luto após a morte de seu irmão. Um ano após o acidente, a perda ainda é muito forte e, para piorar a situação, uma garota misteriosa o confronta, dizendo que a pessoa que deveria ter partido era ele e não o irmão.
A história então discute as dificuldades dessa situação e a importância do afeto de terceiros para "curar as feridas" e seguir em frente. Em particular, Junya está cercado de pessoas que querem ajudá-lo e terá que contar com a ajuda deles para realizar o projeto de renovar a grande mansão japonesa da sua amiga de infância, Chihaya Hojo.
