Desenvolvido pela Karin Entertainment, Shinjuku Rashomon conta a história de rapazes que despertaram as memórias de samurais antigos presentes em seu sangue. Como resultado, grupos paramilitares foram formados e a ordem pública acabou se desfacelando por conta dos frequentes duelos públicos. A população comum convive com o medo constante.
A história acompanha o protagonista Okita Akira, um aluno do terceiro ano que se junta ao Shinchougumi após seu despertar. Como novato do grupo, ele acompanha o capitão Nakazawa Hayate, que também atua como uma espécie de cirurgião ilegal; e Katsu Kakugo, um ex-policial que acabou abandonando a força por conta das suas tendências violentas após despertar e chegou a trabalhar para a Yakuza durante um período.
