Sympathy Kiss conta a história de uma jovem designer que trabalha em uma empresa de produção de apps para mobile. Um dia, ela recebe a oportunidade de mudar de departamento para o app que alavancou a companhia. Porém, o que parece ser uma grande chance se mostra um desafio significativo, já que o app está passando por dificuldades e pode ser fechado em breve.
Para lidar com essa situação, a protagonista terá que se esforçar junto com os vários rapazes bonitos do departamento. Entre os seus aliados, temos Mitsuki Saotome, um jovem genial que já foi responsável pela criação de grandes sucessos. Apesar de sua inteligência, o jeito extremamente casual e um pouco íntimo demais que o rapaz possui costuma causar problemas.
