Lunaria conta a história do jovem T-BIT, um rapaz que é um gênio no jogo VR Skyout. Um dia ele acaba encontrando uma misteriosa zona além dos limites normais da experiência de realidade virtual. Nesse lugar, ele encontra uma bela garota chamada LUNAR-Q.
Na verdade, a moça é uma IA criada para um projeto de desenvolvimento da superfície da Lua e gostaria de um dia conhecer a Terra. A trama é descrita como uma história de amor entre os dois. Embora o jogo já tenha sido lançado anteriormente no PC no Japão, a edição de Switch será a primeira a receber legendas em inglês.
