Yukar from the Abyss é uma visual novel sobre uma garota chamada Kurumi Oki que decide abandonar a vida na cidade grande e se mudar para Hokkaido. Porém, ela acaba perdendo a parada e se encontrando em uma área deserta na qual um grupo estranho a persegue. Logo ela acaba descobrindo um mundo de criaturas sobrenaturais e se envolvendo em um romance proibido com os deuses.