A história de FRONT MISSION 2 é descrita da seguinte forma pela desenvolvedora (tradução nossa):
12 anos se passaram desde o segundo conflito Huffman. A empobrecida República do Povo de Alordesh tem sofrido uma recessão econômica severa desde que a guerra acabou. Em junho de 2102, soldadods do Exército de Alordesh se erguem e, liderados por Ven Mackarage, declaram independência da O.C.U. (Oceania Cooperative Union).
Ash, um soldado da O.C.U., consegue sobreviver à batalha subsequente, mas Alordesh é completamente dominada pelo Exército Revolucionário. Ash e seus colegas de equipe sobreviventes infiltram o subterrâneo de Alordesh em uma tentativa de escapar do país. Todavia, eles logo descobrem que há uma enorme conspiração por trás do golpe.
Em FRONT MISSION 2, a perspectiva alterna entre três personagens: Ash, Lisa, e Thomas, criando uma visão de mundo que vai além da simples dicotomia entre bem e mal.
Além da história envolvente, do combate baseado em turnos e da customização dos robôs gigantes (Wanzers), o título inclui uma versão modernizada das cenas de combate e dos efeitos visuais, câmera livre, trilha sonora renovada e 9 opções de língua, incluindo legendas em português (de Portugal). Para os fãs da franquia, vale destacar que a Forever Entertainment está empenhada nos relançamentos da série, tendo também anunciado o remake de Front Mission 3 anteriormente.