Baseado no mangá e anime Made in Abyss, Binary Star Falling into Darkness é dividido em dois modos: Hello Abyss, que explora os eventos vivenciados por Riko e seu companheiro Reg no anime; e Deep in Abyss, com uma história original e personagem customizado. Porém, esse personagem não está totalmente isolado da narrativa da série, contando também com a ajuda de Nat, Shiggy, Black Whistle Hablog e até mesmo Riko e Reg ao longo de sua jornada pelo Abismo.
Outros detalhes divulgados sobre a jornada incluem o fato de que o jogador poderá visitar áreas em que White Whistles vivem (como o Seeker Camp da segunda camada do Abismo) e a base da quinta camada. O protagonista também poderá fazer quests para personagens como Ozen e Bondrewd.Vale destacar que o protagonista possui um caderno de anotações no qual grava detalhes sobre as pessoas, relíquias e criaturas encontradas pelo caminho. Para registrar as informações sobre os monstros que habitam o Abismo, o jogador precisará usar um monóculo e se aproximar com cuidado da criatura.Fonte: Spike Chunsoft (press release)