Em Mary Skelter Finale, os personagens jogáveis se separam em grupos após os eventos dos dois primeiros jogos. É necessário comandar essas equipes de forma paralela para avançar a história. Um dos grupos é liderado pela nova personagem Mary. Ela é acompanhada pela também estreante Charlotte e pela já conhecida Alice.
Por fim, Alice está em uma jornada para reencontrar Jack após o ataque da Massacre Pink. Ela é uma pessoa calma e analítica, mas acaba se preocupando muito com as pessoas que gosta. Em particular, quando o assunto é o Jack, que é seu amigo de infância.
Vale destacar que as três personagens jogáveis também contarão com o apoio de Chiaki e Yuko Gato. Chiaki era o segundo em comando na Order of Sun e, apesar de seu ceticismo, acaba considerando as garotas suas aliadas. Já Yuko é um dos poucos humanos a se manter vivo na superfície e a pessoa mais velha do grupo, oferecendo sua sabedoria sempre que necessário.
Fonte: Idea Factory International (press release)