Blue Reflection: Second Light conta a história de um grupo de garotas que vai parar em um outro mundo. Sem memórias além do seu próprio nome, elas precisarão lutar contra monstros enquanto buscam por uma forma de desvendar o mistério do que está acontecendo e voltar para casa.
Fora das batalhas, o jogo inclui um sistema de síntese de itens em que é possível escolher duas personagens para fazer os itens, alterando as suas propriedades. Além disso, elas se abrigam em uma espécie de escola flutuante que pode ser customizada pelo jogador.