Birushana Senki conta a história da jovem Shanaou, filha dos Minamoto e mais conhecida pelo nome Minamoto no Yoshitsune. Conforme os clãs Yoshimoto e Taira entram em guerra civil, ela também é forçada a participar dos conflitos junto com seu irmão Minamoto no Yoritomo. Os personagens da história são baseados em figuras histórias da era Heian e a guerra apresentada no jogo é conhecida como Genpei e durou entre 1180 e 1185.
