O jogo é descrito da seguinte forma pela empresa:
Ryza, a aprendiz de alquimista, e seu grupo de amigos travessos partem em busca de aventura e se deparam com uma variedade de desafios para superar. Uma série de circunstâncias levam o grupo às profundezas da misteriosa Sunken Mine, um ambiente sombrio e profundo que é lar de algo potencialmente maligno -- um portal para outro mundo.
Prepare-se para uma jornada árdua; para salvar seu lar do que está à espreita nessa terra distante, os aventureiros criam um esconderijo secreto para servir como sua base de operações. Como uma jovem alquimista em treinamento, Ryza terá que se manter praticando diligentemente suas sínteses em suas viagens -- quanto maior o nível de sua alquimia, mais úteis serão os itens para as próximas aventuras. Além disso, os jogadores poderão também usar o novo sistema de Gathering Synthesis em seu esconderijo para criar novas áreas exploráveis; eles podem também usar Forging para criar novas armas perfeitas para inimigos mais fortes; e Item Duplication, para criar com facilidade uma variedade de itens consumíveis para a viagem.
Como o esconderijo secreto de Ryza não estaria completo sem personalização, os jogadores poderão customizar seu esconderijo para refletir sua própria personalidade utilizando vários itens encontrados em suas explorações pelos mundos. Ryza e sua equipe poderão aumentar seus atributos de acordo com a forma como a base é remodelada, e isso pode ser usado de forma estratégica para obter bônus úteis no campo de batalha. Essas características de Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout serão desbloqueadas conforme os jogadores experimentam a narrativa engajante, as quests e as áreas mágicas do jogo.
Fonte: Koei Tecmo (Youtube)