O jogo é descrito da seguinte forma:
A jornada começa quando uma fazendeira e seu filho El Hijo são atacados por bandidos que arrasam sua plantação. A mãe decide deixar El Hijo em um monastéro isolado para protegê-lo. No entanto, a vida monástica não é para ele e El Hijo decide escapar. El Hijo é um jogo de stealth não-violento. No lugar, violência é substituída pelas peripécias e travessuras de uma jovem criança. Se aproveitar das sombras é a essência do jogo e El Hijo terá que se esconder com frequência.
Fonte: Gematsu