Root Letter conta a história de um rapaz que mantinha correspondências com a jovem Aya Fumino durante a adolescência. No entanto, após um misterioso evento, as cartas simplesmente pararam. Até que 15 anos depois, o protagonista encontra uma carta que ainda não havia lido e decide investigar o que aconteceu em Shimane, local onde Aya vivia.
A nova versão inclui a possibilidade de alternar entre as imagens originais e versões em live action, além de novos epílogos para os múltiplos finais da história.
