Root Letter conta a história de um jovem rapaz que viaja para a cidade de Shimane em busca de Aya Fumino, uma garota com quem se correspondia por carta durante o ensino médio. No entanto, alguma coisa aconteceu e a jovem parou de enviar novas cartas. Viajando para o local e conversando com os antigos colegas de classe da personagem, o protagonista terá a oportunidade de desvendar esse mistério.
Na nova versão, o jogador poderá optar por mudar o visual para live-action e também há epílogos para os finais, além de algumas melhorias no gameplay.
