A resposta veio de um representante da Nintendo que explicou a situação para a Game Informer, dizendo que a CPU do New Nintendo 3DS consegue rodar os jogos de SNES com melhores resultados.
"Como anunciamos anteriormente, o New Nintendo 3DS tem uma CPU melhorada, que habilita os jogos de Super Nes a rodar no sistema com melhores resultados. Os jogos de Super Nes no N3DS inclue o Perfect-Pixel mode, que permite os jogadores verem os jogos na resolução original"
A explicação não deveria ser supresa para muitos, considerando que o 3DS original tem apenas 268MHZ de CPU, enquanto o N3DS possui 804MHZ, 300% de diferença.
Fonte: DualShockers