A passagem do encanador mais famoso do mundo para o universo 3D não seria tão marcante sem a composição do mestre Koji Kondo. Trazendo a referência do pop e do funk já presentes nas trilhas da série anteriormente, Kondo se aproveitou das novas tecnologias disponíveis no Nintendo 64 para criar um dos conjuntos de peças mais reconhecíveis do repertório de game music.
O tema principal do jogo é repleto do groove característico das trilhas de Mario, especialmente, se nos lembrarmos da música do primeiro game de NES. A vantagem para Kondo é que agora ele podia contar com os mais variados sintetizadores que emulam um conjunto de funk: naipes de metais, o contrabaixo executando slaps e a melodia simulando um clavinet à la Stevie Wonder. Nesta versão, o duo de violões Co-Op Players brinca com outros ritmos, executando o tema em passagens que remetem à música country e à seresta.
