Eu sempre pensei sobre existir uma guerra entre a Federação Galáctica e os Piratas Espaciais. A série Metroid Prime se passa entre Metroid 2 e Super Metroid, como vocês já devem saber. Então, ele se encaixa na mesma cronologia, mas de uma perspectiva diferente. [...] vocês talvez possam ver Samus durante o jogo.
Se passará em um planeta usado pela Federação Galáctica no passado. O enredo se desenvolverá numa disputa para retomar aquele planeta, você descobrirá que os Piratas Espaciais agora lá habitam e estão construindo uma arma para usar contra a Federação. Os jogadores irão lutar contra os Piratas para tentar pará-los.Além disso, Tanabe comentou que a jogabilidade terá um sistema de classes entre os jogadores nas partidas de multijogador devido a limitação de equipamento para a ser carregado para cada um. Aparentemente, a escolha será livre e caberá aos próprios jogadores manter um equipe equilibrada em termos de classe.
Fonte: Eurogamer