Apesar de contar futuramente com a jogabilidade proporcionada pelo C-Stick, nova alavanca para o New Nintendo 3DS,
Super Smash Bros. for 3DS não terá compatibilidade com o Circle Pad Pro. De acordo com Masahiro Sakurai, o famigerado acessório que adiciona uma alavanca analógica às versões atuais do 3DS, gasta uma carga de cerca de 5% do processamento do console, quantidade que não poderia ser utilizada no jogo sem prejudicar o conteúdo final do título.
No caso do New Nintendo 3DS, Sakurai explicou que além do novo console ter uma capacidade maior de processamento, o fato da C-Stick ser do próprio aparelho, e não um acessório, também contribuí para uma maior fluidez no uso de uma segunda alavanca analógica.