Pela primeira vez na série, o jogo contará com ferramentas sensíveis ao contexto. Como isso funciona? Um exemplo: caso o jogador esteja na frente de uma árvore com o machado no inventário, não mais será necessário navegar por menus. O jogo entenderá a intenção de cortar a árvore sem a necessidade de equipar o machado manualmente. Esta mecânica também servirá para as outras ferramentas.
Outra mudança importante é que não haverá mais upgrade para as ferramentas. Ao invés disso será possível contar com os Harvest Sprites (duendes) para ajudar em tarefas como coletar madeira, minerar pedras e aguar as plantas.
Por fim, a quantidade máxima de cada item a ser carregado foi aumentado para 255. Com o intuito de evitar a quebra do fluxo de jogo, essa será uma mudança muito bem-vinda.
Sobre as mudanças no jogo, o produtor do jogo Harvest Moon 3D: The Lost Valley, Taka Maekawa, comentou:
"Quando começamos a desenvolver Harvest Moon 3D: The Lost Valley, estudamos o que realmente fazia o jogo ser divertido. Queríamos manter os valores centrais como 'trabalho árduo leva a grandes recompensas', mas também desejamos minimizar tudo o que pudesse distrair o jogador dessa proposta de diversão. Após análise profunda do sistema de ferramentas, decidimos voltar ao quadro negro. Concluímos, então, que o ritmo de jogo deveria ser constante, por isso modificamos o sistema de ferramentas."
