O sistema operacional do Wii U será o responsável por ocupar inicialmente boa parte da memória interna, deixando livre no pacote básico 7.2GB e, no deluxe, um total de 29GB. Com suas atualizações, o SO pode chegar aos incríveis 4.2GB, mais que a metade do espaço disponível no modelo básico.
Os tamanhos de alguns jogos foram revelados, como New Super Mario Bros. U que possui 2GB e Nintendo Land com 3.2GB, informação essencial para aqueles que desejarem comprar os títulos online.
O Wii U suportará HDs externos, como foi divulgado anteriormente, de até 2TB e apenas um por vez pode ser conectado, uma futura atualização permitirá utilizar mais de um, porém não simultaneamente, e este não pode ser desconectado enquanto o console estiver ligado. O dispositivo deve ser formatado pelo sistema de gerenciamento de dados do Wii U, criando assim uma área exclusiva. Aqueles que desejarem utilizar o HD no computador deverão particionar o mesmo. Unidades que exigem USB acima de 2.0 podem não funcionar. Os dados poderão transitar internamente e externamente através do sistema.
Os cartões SD terão uso limitado, dados do Wii como jogos de WiiWare, Virtual Console e saves poderão ser salvos e lidos nesse tipo de mídia, porém o Wii U não salva dados neles.
Fonte: IGN