Com o sucesso do primeiro Metroid Prime (GC), a Retro Studios logo aproveitou a mecânica FPA para desenvolver sua sequência: Echoes. O sucesso não foi tão esmagador quanto o do primeiro, mas muito satisfatório. Lançado em 15 de Novembro de 2004 nas Américas e apenas 26 de Maio de 2005 no Japão. O jogo usa o mesmo estilo de aventura e exploração em primeira pessoa, na verdade, é quase como uma expansão do antecessor. Mas, não é por isso que ele não possua uma trama original e uma temática nunca antes vista num Metroid. Estreando o modo multiplayer pela primeira vez, é o quarto capítulo da história de Samus, se encaixando após Metroid (NES), Metroid Prime (GC) e Metroid Prime Hunters (DS).
Yin-Yang
Convenhamos que o duelo entre luz e trevas é algo mais do que clichê entre os video-games, mas Metroid Prime 2: Echoes, apesar de usar-se deste recurso, não se limita apenas àquele velho discurso do bem contra o mal e toda aquela filosofia politicamente correta. Em Echoes, Samus recebe uma nova missão da Galact Federation após os incidentes de Metroid Prime Hunters. A caçadora tem a tarefa de viajar até o planeta Aether para investigar a súbita perda de contato com uma tropa da federação que lá estava, o esquadrão Bravo. No entanto, adentrar-se na atmosfera do hostil planeta causa sérios danos à nave de Samus, forçando a Hunter a fazer um pouso de emergência, deixando a nave a efetuar auto-reparos. Explorando o planeta, a caçadora vê os vestígios de um antiga base de operações da federação, mas o que sobra dela se resume a cadáveres. Mas as anomalias de Aether não param por ai, pois Samus descobre um estranho portal dimensional que a leva para um lugar alternativo. Lá, onde a atmosfera é nociva a Samus, a Bounty Hunter presencia um ser muito parecido com si mesma trajando algo que se assemelha à Power Suit e absorvendo quantidades grandes de Phazon.
Tratava-se da Dark Samus! Mas antes que se pudesse supor algo, uma manada de criaturas conhecidos como Ing atacam Samus sem dó, retirando-lhe inúmeros power ups. A caçadora consegue escapar pelo portal por pouco, voltando ao mundo normal sem muitas das habilidades de peso de sua armadura e com baixo poderil bélico. Após descobrir que as mesmas criaturas que a atacaram também causaram a total extinção do esquadrão Bravo, Samus encontra um humanóide chamado U-Mos. Através de um dos poucos diálogos da série Metroid, U-Mos revela a Samus a crítica situação na qual seu planeta se encontra: há algum tempo, um cometa carregado de Phazon (o Leviathan) chocou-se com Aether, o que não só provocou a proliferação dessa perigosíssima substância radioativa mutagênica, mas também a divisão do planeta em dois. Um sombra de Aether foi criada, uma dimensão alternativa conhecida como Dark Aether.
Os Ings, nativos de Dark Aether, invadiram Aether atrás da dominação do planeta, mas esbarraram com os Luminoth (a espécie de U-Mos) que lá viviam. Nessa disputa, os Luminoth foram extintos, restando apenas U-Mos, o único sobrevivente. Ele implora para que Samus aceite ajudá-lo a recuperar o planeta das mãos do Ing. Samus aceita e daí em diante uma jornada através de Aether e Dark Aether começa. É claro que os Space Pirates não ficariam de fora, os cruéis piratas instalam suas bases de pesquisa atrás do sonhado Phazon para usá-lo como arma e para clonar mais Metroids! O diferencial da trama que envolve a disputa entre trevas e luzes de Metroid Prime 2: Echoes e de outras tramas é o modo sério como é narrada, aqui não se fala tanto de bem e mal, mas tudo é muito científico. Portais entre os mundos das luz e das trevas não são coisas mágicas, mas gerados por máquinas e a Dark Samus não é aquele ser completamente maquiavélico que sonha em controlar a galáxia e criar um império do mal, mas sim um ser que precisa absorver Phazon para sobreviver.
Uma verdadeira sequência
Metroid Prime 2: Echoes usa a mesma mecânica de tiro em primeira pessoa de Metroid Prime e mescla-a com exploração, criando um jogo de aventura não linear assim como o predecessor. Mas Echoes não seria nada se resumisse-se a copiar e colar as funcionalidades de Prime. O game tem muitos diferenciais em relação à primeira aventura do Game Cube, o principal é a constante viagem entre Aether e Dark Aether, uma função até então inexistente em um Metroid. Como os dois mundos são primordialmente iguais, algumas das alterações feitas em um acarretam em mudanças no outro, o que traz um novo esquema de puzzles. Além disso, o antagonismo entre Dark Samus e Samus, Light Beam e Dark Beam, Dark Suit e Light Suit e Luminoth e Ing consegue adicionar um tom épico ao jogo, afinal, jogo de opostos são sempre clássicos dos games. O jogo trouxe ainda mais melhorias, aproveitando melhor alguns puzzles com a Morph Ball e a Spider Ball e acrescentou o Screw Attack à perspectiva 3D. Outros itens como o Annihilator Beam e visores novos que permitem enxergar ondas sonoras e inimigos invisíveis são endêmicos de Echoes.
A dificuldade do segundo Prime também é mais cruel, o jogo não perdoa o jogador, afinal, muitos chefes são estratosfericamente imensos e a atmosfera de Dark Aether consome as energias de Samus a passos largos, sendo necessário estar sempre perto de um campo de força, o fato das criaturas ficarem mais fortes ao se tornarem seres das trevas também dificulta o jogo. Mas, mesmo com tudo isso, é crucial sabermos que o game reproduz a engine gráfica e de jogabilidade de Prime, o que não chega a desmerecer o game, mas não o torna tão inovador. E, mais uma vez, o potencial do Game Cube é elevado ao extremo para reproduzir as duas dimensões de Aether com riqueza de detalhes impecável. Tudo é muito orgânico e pode ser escaneado, rendendo informações extras assim como nos outros jogos da série Prime. Músicas novas foram muito bem arranjadas, fazendo o jogador emergir ainda mais nas disputas antagônicas de Aether. Em Echoes a armadura de Samus tem um acabamento gráfico muito refinado, pois enquanto no primeiro Prime ela refletia muito a iluminação do cenário, no segundo ela tem uma cor muito mais própria e acentuada, além, é claro, do Dark e Light Suit exclusivas desse jogo. Além de tudo isso, o multiplayer estreou em Echoes, tal modo de jogo nunca foi usado num Metroid antes. É claro que não chegava a ser algo focado como em Metroid Prime Hunters, mas servia de um bom passa-tempo e modo de reviver o esplendor de um jogo de tiro em primeira pessoa em grupo com todo o charme de Metroid.