Pokémon Crystal será compatível com o Pokémon Bank no lançamento e jogadores poderão batalhar e trocar monstrinhos com as versões Red, Blue e Yellow utilizando a Time Capsule.
Além disso, será possível encontrar Celebi após completar o jogo. Na versão original, era necessário o uso do Mobile Game Boy Adapter, um adaptador que permitia o Game Boy se conectar à internet móvel, para receber a famosa GS Ball e iniciar o evento do monstrinho mítico.
A versão européia receberá caixa contendo o código para download. Já a versão japonesa, além da caixa e do código, terá poster, manual e uma réplica do cartucho (Com fita magnética).
